Otto Gusti Ndegong Madung lahir di Lengko Elar, Manggarai Timur, Flores pada tanggal 20 Mei 1970. Tahun 1991 mulai belajar filsafat pada STFK Ledalero. 1994 meneruskan studi teologi di Philosophisch-Theologische Hochschule St. Gabriel, Mödling bei Wien, Austria dan mencapai gelar Magister der Theologie pada tahun 1999.
Juli 1998-September 2000 menjalankan praktik diakonat dan bekerja sebagai imam pembantu di sebuah paroki di Kota Wina-Austria.
Oktober 2000-akhir september 2001 bekerja pada Institut Sosial Jakarta: Sebuah LSM milik Serikat Jesuit yang bergerak di bidang advokasi masyarakat miskin Kota Jakarta.
Akhir 2001 – Februari 2008 belajar filsafat pada Hochschule für Philosophie, Munchen Jerman. Tanggal 8 Februari 2008 mempertahankan tesis doktoral berjudul “Politik und Gewalt. Giorgio Agamben und Jürgen Habermas im Vergleich” – “Politik dan Kekerasan. Sebuah Studi Perbandingan tentang Giorgio Agamben dan Jürgen Habermas”.
